La investigación constituye una función esencial y obligatoria de la universidad intercultural que la fomenta a partir del diálogo intercultural y de forma integrada a la enseñanza cotidiana entre docentes regulares, sabios, conocedores indígenas y los estudiantes de distintas procedencias culturales, y que se plasma en forma de proyectos de investigación generados por cualquiera de estos actores. Responde así a la necesidad de producción de conocimiento intercultural, con sus propias metodologías, como una necesidad estratégica para el desarrollo de la zona de la Selva Central, del país y del mundo.